Le problème est que l’ampleur de cette pêche génère des effets négatifs : augmentation de la capturabilité des petits thons albacores et patudos, ainsi que de celle d’espèces sensibles comme les requins soyeux ; risque de pêche fantômes (poissons capturés accidentellement par les DCP lorsqu’ils dérivent) ; échouage des DCP sur les récifs ; augmentation du nombre d’objets flottants avec des effets potentiellement négatifs sur les migrations et la biologie des thons.

Un des principaux enjeux actuels des Organisations Régionales des Pêches (ORGP) thonières, chargées de gérer ces pêcheries pour en assurer leur durabilité, concerne la gestion des DCP.